Sejarah- Pengadilan Negeri Jayapura telah ada sejak pembentukan Provinsi Irian Barat yang saat ini bernama Papua, yang dahulu ibukotanya disebut Kota Baru / Port Numbay, dan kini dengan nama Jayapura. Pembentukan Provinsi Irian barat sesuai dengan Perjanjian New York tanggal 15 Agustus 1962 tentang Persetujuan Pemerintah Belanda dan Pemerintah Indonesia mengenai Irian Barat, dengan membentuk suatu badan pelaksana sementara, yaitu UNTEA. Sesuai dengan perkembangan dan pemekaran di wilayah Jayapura, saat ini telah dimekarkan sehingga menjadi 1 (satu) Kota Jayapura dan 4 (empat) kabupaten, yaitu: Kabupaten Jayapura, Kabupaten Keerom, Kabupaten Sarmi, Kabupaten Mamberamo Raya. Satu kota dan empat kabupaten inilah yang saat ini menjadi dan atau merupakan Wilayah Hukum Pengadilan Negeri Klas IA Jayapura. Di samping gedung Pengadilan Negeri yang terletak di Jalan Raya Abepura yang digunakan sebagai aktivitas sehari–hari, terdapat pula gedung tempat sidang (Zitting Plaats) masing –masing di :

Arso, di Kabupaten Keerom

Sarmi, di Kabupaten Sarmi

Genyem, di Kabupaten Jayapura.